Обер-прокурор стал играть в правительствующем Синоде руководящую роль. Обер-прокурору были подчинены фискалы (при генерал-прокуроре Сената также состояли фискалы). Духовные фискалы назывались инквизиторами, их деятельность определялась Инструкциями Синода от 1721 года и от 12 декабря 1722 года. В задачу инквизиторов входило тайное наблюдение за правильным и законным течением церковной жизни.
Обер-прокурору подчинялась и синодальная канцелярия.
При Священном правительствующем Синоде были учреждены еще две должности - агента и комиссара. Необходимость введения должности агента обосновывается в Указе от 20 марта 1722 года: «... на посылаемые из Синода в Сенат ведения и в коллегии Указы, ответствие бывает продолжительное, а иные ничего не ответствуются ... того ради нужда быть в Синоде Агенту». Агент обеспечивал связь Синода с Сенатом и другими коллегиями, в функции агента входило лично доставлять документы из Синода в другие государственные учреждения и следить, чтобы вопросы, исходящие из Синода, рассматривались без промедления.
Комиссар обеспечивал связь правительствующего Синода с Монастырским приказом.
Первоначально внутренняя структура правительствующего Синода была представлена отделами, специализировавшимися на конкретных областях церковного управления. Всего отделов было четыре:
- «контора школ и типографий;
- конторы судных дел;
- контора раскольнических дел;
- контора инквизиторских дел».
Но уже в 1726 году Екатерина I провела реформу структуры правительствующего Синода. Синод был разделен на два «апартамента». Первый «апартамент» состоял из шести архиереев и должен был осуществлять управление церковью. Второй «апартамент» состоял из пяти светских чиновников; в его функции входило - вершить суд и контролировать сбор налогов (в 1727 году второй «апартамент» был переименован в коллегию «экономии синодального правления», которая стала подчиняться Сенату).
Святейший правительствующий Синод наделялся достаточно широкими полномочиями. Рассмотрим основные полномочия, которыми обладал Синод в первой половине 20-х годов XVIII века.
Прежде всего, Синод являлся высшей административной инстанцией церкви. Синоду принадлежало право открытия новых кафедр, избрания иерархов и постановления их на вдовствующие кафедры, но при этом требовалось согласие монарха. Синод также осуществлял верховное наблюдение за исполнением церковных законов всеми православными в пределах Российской империи.
Синод обладал нормотворческой функцией. С согласия монарха и по его поручению Синод издавал указы. Синодальные акты с подписями членов Синода и со штемпелем «по указу его императорского величества приобретали статус государственных законов». Синод уполномочивался издавать законодательные акты регулирующие:
- брачно-семейные отношения (например, Указ «О дозволении находящимся в Сибирской Губернии шведским пленникам вступать в браки с православными, без перемены исповедуемой ими веры» от 23 июня 1721 года; Послание Святейшего Синода к православным «О беспрепятственном ими вступлении в брак с иноверцами» от 18 августа 1721 года);
- полномочия и обязанности членов Синода, лиц, подчиненных Синоду (например, Указ «О преезде Синодальным Членам в положенные дни в присутствие» от 17 февраля 1721 года, «Инструкция, данная из Правительствующего Синода Протоинквизитору, Провинциал-инквизиторам и Инквизиторам» от 12 декабря 1722 года);
- полномочия и обязанности церковнослужителей (например, Указ «О приводе к присяге поставляемых в Архимандриты и Игумены, с отобранием от них обещания в том, что они в монастырях не будут держать святош и затворников» от 24 февраля 1722 года, Указ «Об объявлении священниками открытых ими на исповеди преднамеренных злодейств, если исповедующиеся в оных не раскаялись и намерения своего совершить их не отложили, - с приложением особой формы присяги для духовных лиц» от 17 мая 1722 года);
- вопросы воспитания и образования детей священнослужителей (например, Указ «О воспитании детей духовного звания в школах при домах Архиерейских» от 31 мая 1722 года, Указ «О обучении церковнических детей и о невзятии от дел Синодальных подьячих» от 30 ноября 1722 года);
- вопросы управления церковным имуществом (например, Инструкция, данная от Святейшего Правительствующего Синода Советнику Преосвященному Леониду, Архиепископу Сарскому и Подонскому «Об управлении Московской Синодальной области от 10 апреля 1722 года, Указ «О состоянии Синодальному дому, под ведением Синода, в непосредственном управлении Синодального Дворцового приказа» от 4 июля 1722 года);
- вопросы церковного суда (например, Указ «Об инстанциях Духовного Суда и о делах духовного ведомства» от 4 сентября 1722 года).
Синод мог принимать законодательные акты совместно с Сенатом (например, Высочайше утвержденный доклад Сената обще с Синодом «О записи в ревизию людей духовного звания, которые объявляются без мест и в отставке» от 4 апреля 1722 года, Указ Сенатский обще с Синодом «О наборе рекрут, о доимочных рекрутских деньгах и о беглых солдатах и рекрутах» от 8 мая 1722 года).
Синод обладал и судебными полномочиями. Синод являлся высшей церковной судебной властью. В качестве суда первой инстанции, Синод решал дела церковных иерархов. В качестве апелляционной инстанции, Синод рассматривал дела, решавшиеся в епархиальных судах.
Согласно Высочайшей резолюцией на докладные пункты Синода от 12 апреля 1722 года Синодальному суду передавались следующие дела (ранее принадлежащие суда патриархов):
- «Богохульные»;
- «Еретические»;
- «Раскольничьи»;
- «Волшебные»;
- «Недоуменные браки»;
- «О насильственном пострижении»;
- «О хищении церковного имущества»;
- «Вины разводов брачных».
Этим же документом в ведение гражданского суда передавались дела:
- «О любодействе»;
- «О кровосмешении»;
- «О насильственном к браку восхищению»;
- «О детях прижитых блудством»;
- «О неповиновении духовной власти» (по делам духовным).
Спорные дела о наследстве Синод рассматривал совместно с Юстиц-Коллегией, пошлины с этих дел передавались в госпитали.
Согласно Сенатскому Указу от 19 мая 1721 года суд над раскольниками осуществляли светские судьи, в соответствии с указами Синода.
К ведению Синода передавались дела крестьян церковных и монастырских земель: «Архиерейским и монастырским крестьянам, судом, между себя, и кто на них будет бить челом, кроме криминальных дел ... ведомым быть в Синоде».
Дела священнослужителей рассматривались церковными судами, за исключением уголовных дел. Согласно Сенатскому Указу «О суде и наказании людей духовного чина, обличившихся в преступлениях и утайке душ» от 22 октября 1722 года уголовные дела исследовались Синодальными Управителями, после чего передавались в светский суд.
Духовная Коллегия издавала акты, обращенные к раскольникам, например, «Пастырское Святейшего Синода увещевание к обращению раскольников в недрах Православной Церкви» от 17 января 1722 года, Указ «О обращении раскольников к православной вере» от 3 апреля 1722 года.
В функции Синода входило «по мере сил бороться с расколом и убеждать раскольников примкнуть к истинной церкви». Синод неоднократно обращался к расколоучителям принять участие в совместных рассуждениях о вере. Однако мероприятия Синода в этом направлении «не дали почти никаких результатов».
